呼吸器外科は肺癌の外科治療を中心として、呼吸器内科グループ、放射線科、病態検査科病理部門と研究グループを作り、協力して研究活動を行っている。

呼吸器外科では、
1）原発性肺癌に関する免疫組織学的研究
2）原発性肺癌手術時とくに左右下葉切除術、肺全摘除術後の気管支断端治癒促進に関する臨床的研究
3）肺移植時の拒絶反応に関する臨床的研究
4）肺腺癌における癌幹細胞の同定とその臨床的意義の検討
5）複数の腫瘍マーカーを統合的に用いた肺癌診断の研究
6）生体吸収性気管ステントの開発とその臨床応用の研究（J Thorac Cardiovasc Surg. 2002 ;123:161-7）
などを行い発表してきた。

また、肺移植に関する研究をカナダ・トロント大学胸部外科の協力のもとに行っており、2012年からShaf Keshavjee教授は本学の客員教授となり当講座との研究環境はより近密となった。2016年6月現在、当講座大学院生がKeshavjee教授指導のもと、XVIVO systemを用いた肺移植後・閉塞性細気管支炎の予防的治療戦略の構築の研究に携わっている。